Menindaklanjuti apa yang sudah di hasilkan dalam MUBES Ke-IX GPKdI, dua bulan sesudahnya maka di laksanakan Musyawarah Kerja Nasional (Mukernas). Berlokasi di GPKdI House Of Truth, Bojong Indah, Jakarta pelaksanaan Mukernas berlangsung selama 3 hari dari tanggal 16 – 18 Juni 2019. Mukernas IX ini diawali dengan Pelantikan Dewan Pengurus Sinode Daerah (DPSP) dan Anggota Dewan Pengembalaan, serta penyampaian Visi, Misi serta Nilai-nilai organiasasi yang disampaikan oleh Pdt. Lie Ali Santoso selaku ketua umum GPKdI yang terpilih pada Musyawarah Besar bulan maret.
Dalam Mukernas kali ini sistem program kerjanya bersifat “Top Down” yaitu setiap Ketua-ketua Departemen & Komisi dalam Dewan Pengurus Sinode Pusat (DPSP) yang memaparkan program kerja serta anggaran keuangannya masing-masing kepada Dewan Pengurus Sinode Daerah (DPSD) untuk ditanggapi dan nantinya ditindak lanjuti untuk dilaksanakan ke masing-masing sinode daerah.
Pada hari terakhir Mukernas juga diadakan pelantikan lima orang Pendeta Muda yang belum sempat dilantik pada Mubes untuk menjadi Pendeta Penuh (Pdt.), yaitu Pdt. Teddy Kurniawan, Pdt. Emie Rustyaningsih, Pdt. Ribka Pasaribu dari Sinode Daerah DKI, dan Pdt. Teddy Djunaedi dan Pdt. Agus Dwi dari Sinode Daerah Banten-Jawa Barat.
